Entwickelt wurde sie gemäß einer Forderung des Reichsluftfahrtministeriums nach einem Trainingsflugzeug für Fortgeschrittene von Kurt Tank, dem Chefingenieur bei Focke-Wulf, als Konkurrenzmuster zur Arado Ar 76 und der Heinkel He 74. Bei der Konstruktion wurde auch eine eventuelle Verwendbarkeit als „Heimatverteidigungsjäger“ berücksichtigt. Im November 1933 flog die Fw 56a erstmalig, die zweite Maschine ging nach einigen Veränderungen am Fahrwerk und dem Austausch der aus Holz gefertigten gegen eine Metalltragfläche in die Flugerprobung. Der dritte Prototyp flog im Februar 1934 wieder mit einer hölzernen Tragfläche und stellte die Konstrukteure endlich zufrieden. Beim Vergleichsfliegen, das 1935 stattfand, konnte sich die Fw 56 gegen ihre beiden Mitbewerber durchsetzen, woraufhin die Luftwaffe die Serienfertigung anordnete.
Von Mai 1935 bis Dezember 1936 wurden 445 Flugzeuge für die Luftwaffe hergestellt. Insgesamt 45 Flugzeuge wurden exportiert (6 an Bulgarien, 9 an Österreich, 28 an Ungarn und 2 an Bolivien). Die Fw 56 wurde auch von Privatpersonen gekauft, so etwa von Gerd Achgelis, der später mit Henrich Focke den Tragschrauber Fw 61 schuf. Wahrscheinlich sind insgesamt 514 Fw 56 gebaut worden.
Ernst Udet, der ein Anhänger des Einsatzes von Sturzkampfbombern war, erprobte höchstpersönlich mit dem zweiten Prototypen Fw 56V-2 den Abwurf von Rauchbomben und auf seine Empfehlung hin wurde der Entwicklung von Stukas höhere Aufmerksamkeit gewidmet.