Am 8. September 1944 erfolgte die Ausschreibung für ein Jagdflugzeug, das leicht zu fliegen und günstig zu produzieren war (laut Ausschreibung und den Anforderungen des Jägernotprogramms der sog. „Volksjäger“). Es sollte gute Flugleistungen erreichen, nicht mehr als zwei Tonnen wiegen, mindestens 1/2 Stunde in der Luft bleiben können und als Startbahn nicht mehr als 500 m benötigen.

Nach ersten Entwürfen als Projekt P 1073 bekam Heinkel am 15. September den Bauauftrag, und am 6. Dezember 1944, genau 69 Tage später, fand auf dem Flughafen Wien-Schwechat der Erstflug statt, bei dem der Testpilot, Flugkapitän Gotthold Peter, bereits eine Geschwindigkeit von mehr als 800 km/h erzielte. Am 10. Dezember 1944 verunglückte Gotthold Peter beim offiziellen Vorführflug auf dem Flughafen Wien-Schwechat bei einer Geschwindigkeit von ca. 700 km/h tödlich. Aus Filmaufnahmen des Fluges ist zu ersehen, dass der Absturz durch den Bruch der rechten Flügelnase - gefolgt von der Ablösung des rechten Querruders - ausgelöst wurde. Im Unfallbericht ist eine fehlerhaft verleimte Flügelnase als Absturzursache angegeben, daneben wird auf Schwachstellen in der Festigkeit hingewiesen. Eventuell wurde das Flugzeug auch vom Testpiloten beim Abfangen aus dem Bahnneigungsflug überbeansprucht.

Immer weiter wurde versucht, das Metall durch Holz zu ersetzen. Schließlich verhängte man ein Geschwindigkeitslimit und der Spatz durfte nur noch in Ausnahmesituationen schneller als 600 km/h fliegen, bis später ein neuer Klebstoff gefunden wurde. Bei einem Flugversuch bei Heinkel wurde in 4 km Höhe sogar eine Geschwindigkeit von 960 km/h erreicht.

Die Tragflächen und wenige Teile des Rumpfes bestanden aus Holz. Zugunsten einer schnelleren Fertigung wurde nur einfache Technik verwendet. Um trotzdem ansprechende Flugleistungen zu erzielen, wurde die He 162 durch ein BMW 003-Strahltriebwerk angetrieben. Außerdem war das Flugzeug wie die Heinkel He 219 und die Arado Ar 234 mit einem Schleudersitz ausgerüstet. Der Zweck dieser Maßnahme war, die Rettung des Piloten bei einem Triebwerksausfall oder einem Material-Bruch zu ermöglichen. Wenn man ihn auslöste, wurden zuerst die Gurte gestrafft, dann das Dach mit einer kleinen Sprengladung entfernt und der Sitz mit einer etwas größeren Ladung aus dem Flugzeug katapultiert.

Die Bewaffnung bestand aus zwei MG 151/20 mit je 120 Schuss. Das ursprüngliche Einsatzziel war die Abwehr alliierter Bomberverbände. Gleichzeitig sollten dabei die eskortierenden Jägerstaffeln dezimiert werden, wozu es aber aufgrund der Kriegslage mit dem nahen Kriegsende nur noch in vereinzelten Fällen kam. Der erste Kampfeinsatz fand am 26. April 1945 statt. Dabei gab es aber nur einen unbestätigten Abschuss. Spätere Aussagen des Piloten der abgeschossenen Maschine stimmen mit dem Muster der He 162 überein. Eine Einheit von Segelfliegern der Hitlerjugend wurde dann hastig ausgebildet und nach zehn Flugstunden mit der He 162 in den Einsatz geschickt. Da das Flugzeug aber noch Mängel aufwies, die durch den Zeitdruck nicht beseitigt wurden, starben mehr deutsche Flieger durch Defekte als durch den Gegner. Die Flugzeit betrug etwa 45 bis 60 Minuten. Fehler in der Navigation führten daher fast zwangsläufig zu einem Verlust, da die Maschine ohne Antrieb kaum zu landen war.